同年夏……
木叶上一任传奇忍者，木叶三忍之一，现三代火影的徒弟——大蛇丸，在村子里被人无意间发现其进行反人类、反忍者、反忍界的人体实验，被如今最强火影——三代火影猿飞日斩准备亲手清理门户，但是……却独自一人逃离了。
能够在最强火影的手上逃脱，忍界无人不称赞一句……真不愧是被称为三忍的天才忍者啊～。
而在大蛇丸脱离木叶没过多久之后，木叶另一个有着三忍之称的忍者，同样是三代火影的徒弟，蛤蟆仙人自来也为了自己曾今的挚友离开了木叶。
同年春末，在战争局势稳定下来后，木叶顶尖医疗忍者，千手一族最后的幸存者——纲手姬也悄悄离开了忍村。
曾经的传奇，木叶三忍全部离开了自己的村子，在面临着战争的压力以及这么长时间来所造成的损失，木叶一时间又陷入空虚的状态。
木叶47年秋初……
雾隐忍村再次蹦跶了起来了！