则认为是一般姬妾所生，也有少部分人认为是萧后所生，争论颇多。至于是否晋封为公主，是否婚配，封号如何则没有任何文献记载，也无确凿结论。根据历代皇室制度，帝女一般情况下要由皇帝授予公主封号并赐金册，公主得封意味着经济（食邑）与政治上的独立。随后皇帝会在全国贵族子弟中择选驸马都尉进行婚配，往往都有着明显的政治意味和信号。可以确定的是，杨妃是杨广的亲生女儿，而非任何宗室之女。史料当中只有明确记载“帝女”二字可确定是皇帝的亲生女儿，其他宗室女是没有资格称为帝女的，这也是史学界确定杨妃身份的基本史料。
大业十三年（617年）五月，太原留守、唐国公李渊在晋阳起兵，十一月占领长安，拥立隋炀帝孙子杨侑为帝，改元义宁，即隋恭帝，遥尊杨广为太上皇。李渊任大丞相，进封唐王。大兴城破之后，杨妃的人生轨迹彻底改变，由皇女变为皇姑，假如册封应为大长公主。即使这样杨妃的皇姑身份仍然没有维持多久，义宁二年（618年）三月，隋炀帝在江都被大臣宇文化及缢死。同年五月，李渊篡隋称帝，定国号为唐，废杨侑为酅国公，闲居长安，次年五月遇害。隋朝复国希望彻底覆灭，宣告灭亡，立国共三十八年。
李渊史称唐高祖。改元武德，都城仍定在长安。而后,李渊长子李建成被封为太子，次子李世民为秦王，三子李玄霸早夭，四子李元吉为齐王。杨妃从帝女之尊彻底沦为亡国之女。“覆巢之下无完卵”，亡国惨祸接踵而来，隋炀帝被害之后，杨妃的亲兄弟齐王、年仅十三岁的赵王皆惨遭宇文化及逆臣杀害，亲属死者不计其数，如今都随炀帝安葬于吴公台下。杨妃的嫡母萧后和姐姐南阳公主等宗亲被监禁随宇文化及北上，窦建德击溃宇文化及后，萧后由义成公主迎至突厥，其后立隋炀帝之孙杨政道为隋王，南阳公主则回归长安。唐贞观四年，唐太宗李世民击溃突厥大军，萧后带传国玉玺归返长安。
杨妃的姐姐南阳公主于开皇六年出生，开皇十四年出降宇文士及，隋朝灭亡时年仅三十二岁。而曾作为帝女的杨妃不知何故突然下嫁于唐高祖第二子，当时已封秦王的李世民。很多人推测两人属于政治联姻，也有人认为两人曾是旧识，但史料无任何记载。隋唐典型的门阀政治使得世家大族之间频繁通过婚姻缔结政治同盟，彼此之间互为姻亲盘根错节，杨妃与秦王李世民从血缘关系上就是典型的表亲，杨妃的祖母隋文献皇后和李世民的祖母唐元贞皇后（追封）分别为独孤信的第七女和第四女。两女又分别是隋炀帝杨广和唐高祖李渊的母亲，因此杨妃可以称为李世民的表兄妹，两人的结合不仅从血缘上更从政治上充实了李渊家族的根基，因此唐太宗李世民和杨妃之子李恪和李愔，承袭了隋唐两代大一统王朝的正统皇室血脉，还融入了后周门阀独孤家族的基因，称为天潢贵胄此言不虚。
杨妃究竟是何时嫁入秦王府的，根据其子李恪出生基本时间可以推测出来。李恪，唐武德二年生人，与长子李承乾同年。杨妃最晚于武德元年要入秦王府，也就是唐受隋禅让改元武德之时。至于她是以什么身份嫁入秦王府，则不得而知。如今多数人倾向认为以大长公主（皇姑曰大长公主、皇姊妹曰长公主、皇女曰公主）身份嫁入秦王府可能较小，而是在武德元年五月后以国公亲戚的身份礼聘入秦王府，其品阶不详。以燕氏礼聘入府后墓志称其为贵人(据唐制一般而言孺人是亲王有品级侧室的称谓，燕氏的封号令人不解，原因不明)，应与之相当。按道理说，杨妃的人生轨迹从此应该平稳，会作为一个秦王侧室默默沉入历史长河。
也许是因果循环，唐朝建立后，李渊派李世民征讨四方，剿灭各方群雄，李世民功劳过大，引起皇太子李建成的警惕。秦王李世民早有夺嫡之心，各派斗争你死我活。唐武德九年六月初四，四方征战有功的李世民悍然发动玄武门之变，太子李建成和齐王李元吉被杀。初八，高祖李渊立李世民为皇太子，八月八日，李世民于东宫即位，李渊退位为太上皇。李世民就是后来誉为千古贤君的唐太宗，次年改元贞观(627—649)。如果杨妃在世，她在离别大兴宫不到十年之后，又跟随其夫李世民重新踏入昔日皇宫，彼时之家又为今日之家也，这不得不说是历史的吊诡。
杨妃至此在史料中销声匿迹，死后安葬地亦不详。杨妃作为一个出生于皇宫，长于皇宫，又嫁入皇宫的亡国帝女，其父为亡国之君备受争议，其子李恪在唐书中被史臣赞为“太宗诸子，吴王恪、濮王泰最贤。”李恪因被知人善任的唐太宗赞为英果“类己”而被提为立储人选，威胁了特定集团的利益，成为政治斗争的牺牲品。杨妃的荣辱和其一生关联的父亲隋炀帝、夫君唐太宗、儿子吴王李恪、蜀王李愔密不可分。虽然她保证了先天和后天的荣华，也亲历了隋朝的倾覆和唐朝崛起的历史进程，无论她一生随波逐流还是波谲云诡，但她初为帝女后为皇妃的经历将留给后人无限的遐想，也随着她儿子吴王与蜀王的命运悲剧而更加令人叹惋。多年之后，唐高宗皇后武则天称帝，改国号为周，唐三代后女主武王的预言成为现实，李家子孙几乎被诛灭殆尽，唯李恪一族长盛不衰，与唐朝享国同寿，也算是历史的宽慰。